много много dpkg ошибок при обновлении

То, что можно сделать, использовать файловую систему FUSE как bindfs в сочетании с a LD_PRELOAD угонщик, который отключает mkdir и rmdir системные вызовы. Как создают a wrapper.c файл с:

#include <errno.h>
int mkdir() { errno = EPERM; return -1; }
int rmdir() { errno = EPERM; return -1; }

Скомпилируйте его с:

gcc -fPIC -shared -o wrapper.so wrapper.c

И выполненный:

LD_PRELOAD=$PWD/wrapper.so bindfs the-dir the-dir

Который смонтируется the-dir по себе, но без способности создания или удаления каталогов.

Вы все еще сможете переименовать каталоги все же.