Вы вводите rsync в заблуждение, включая каталоги в командной строке и в файле, а также имея подстановочный знак. Это может быть больше того, что вам нужно:
$ cat lists.txt
text1.txt
$ ls A
text1.txt toskip.txt
$ rsync -av --files-from=lists.txt A/ B/
building file list ... done
created directory B
text1.txt
sent 89 bytes received 31 bytes 240.00 bytes/sec
total size is 0 speedup is 0.00
$ ls B
text1.txt
Итак, lists.txt
включает только имена файлов, а не каталог, а в командной строке вы указываете исходный каталог A
. Мы видим, что он только скопировал файл, указанный в файле lists.txt
, и пропустил другой.