Теперь я могу с радостью подтвердить, что доступ к встроенной флешке работает без проблем с использованием ядра 4.6.0 -rc7 и вручную привязать устройство с помощью:
echo 106b 2003 > /sys/bus/pci/drivers/nvme/new_id
Я отправлю патч, который сделает ручную привязку излишней.
Во время тестирования у меня был один эпизод ложных тайм-аутов, который я никогда не смог воспроизвести снова. Драйвер кажется стабильным даже при умеренно интенсивном использовании диска.
Единственные оставшиеся проблемы с MacBook: