Это известная проблема в Fish, # 982 . Очевидно, они хотят, чтобы вы использовали eval
или проанализировали вывод для преобразования пробелов в символы новой строки:
eval g++ -o code code.cc (pkg-config opencv --cflags --libs)
g++ -o code code.cc (pkg-config opencv --cflags --libs | perl -pe 's/\s+/\n/g')