Загрузка Linux Mint с USB в устаревшем режиме

Вы можете исправить файл с помощью awk вот так:

awk '/^>/{if(x)t=$0;else print"\n"$0} !/^>/{printf"%s",$0;if(t)print"\n"t} /^>COSN229024/{x=1}' < wrong.fasta > good.fasta

После этого вам, вероятно, также потребуется вручную исправить начало и конец файла.