Один раз я видел файлы с такими странными правами, это было в серьезно испорченной файловой системе. Раунд fsck(8)
вернул большую часть из них к относительной нормальности, но многие все еще были сильно повреждены. Я полагаю, что это было связано с аппаратной проблемой (удалил хорошие файлы с диска и выбросил его).
Ну, я нашел проблему. Я все еще использовал SLiM, и он был совершенно несовместим с обновленной ОС. Установил lightdm, установил его по умолчанию, и проблема, похоже, прекратилась.