Почему 'apt-get autoremove' не работает должным образом?

RAID1 уничтожит все, если вы сделаете ошибку или вирус решит уничтожить ваши файлы.
Но это позволяет легко исправить фактические сбои жесткого диска.

rsync вызовет простои в (очень частом) случае, когда ваш основной жесткий диск выходит из строя, потому что вам нужно перенести данные обратно (или, по крайней мере, заменить диски).
Но это упрощает восстановление после проблем, вызванных программным обеспечением.

Для «обычного» домашнего использования я бы всегда использовал rsync или другое решение для резервного копирования, в основном потому, что вы обычно не хотите тратить деньги на три жестких диска (один из которых доступен по сети), все с такое же содержание на нем.
Во всем остальном, конечно, правильный ответ: и то, и другое!