Есть ли обратная сторона включения X11 forwarding в ssh?

Ваш синтаксис должен быть таким в файле crontab

crontab -e будет редактировать файл, который вам не нужен nano

00 12 * * * sh /path/to/yourfile.sh

Если вы хотите запустить его от пользователя MySQL, то вам нужно su mysql и сделать то же самое, о чем говорилось выше