comm -23 <(apt-mark showmanual | sort -u) \
<(gzip -dc /var/log/installer/initial-status.gz |
sed -n 's/^Package: //p' | sort -u)
Это дает правильный список пакетов, установленных пользователем, с лучшим приближением, чем ответ от @Stephen Kitt.
Я не могу найти ссылку прямо сейчас, но я полагаю, что многое из этого взято из Moby Project Грэди Уорда