Скопируйте структуру вложенных каталогов, игнорируя все каталоги с определенным именем

$ echo "a.b.gg3d 0000000001 0000000001 y" |sed -r 's/[ ]+[0-9]+//g'
a.b.gg3d y

-r regex mode

Вы ищете один или несколько пробелов, за которыми следует одно или несколько чисел из любого диапазона от 0 до 9. Технически это совпадает дважды, оставляя третье место между a.b.gg3d и y.