Объединение частей, оставленных в комментариях Yasir Arsanukaev и user3927
Во-первых, попробовать
cd /usr/ports && make clean
cd /usr/ports/ports-mgmt/portsnap && make install clean
portsnap fetch update
Затем, возможно, обновите Apache и PHP5 с make deinstall reinstall
.
Наконец, переустановить php5-pdo_mysql
с
cd /usr/ports/databases/php5-pdo_mysql && make deinstall reinstall
Вы имеете склонными - установлены?
Раз так...
apt-get update
apt-get install gnome-shell
эта команда удостоверится, что оболочка гнома установлена и последняя версия
Или еще лучше...
apt-get upgrade
просто обновите все
Я не запускаю Linux Mint, но так или иначе, это - то, как Вы делаете это.;)