Отредактируйте /etc/rc.local в своем любимом текстовом редакторе.
sudo nano /etc/rc.local
и добавьте строку su ubuntu -c /etc/rc.local/ubuntu/start.sh &
(если это действительно путь к вашему file)
Это запускает /etc/rc.local/ubuntu/start.sh как пользовательский ubuntu при запуске и как фоновый процесс.