Я тоже наткнулся на эту проблему. После некоторого поиска в Google я нашел решение в японском блоге здесь .
Вместо bind-key -t vi-copy y copy-pipe «xclip -sel clip -i»
Сделайте что-нибудь вроде этого:
bind-key -T copy-mode-vi y send -X copy-pipe "xclip -sel clip -i"