Программа для управления долями Samba (эквивалентный net.exe)

Вы просто используете обоих sudo и su неправильным способом. Если Вы пишете просто sudo -s или sudo su один, Вы закончите с интерактивной оболочкой, созданной из сценария - это - то, что делают те команды.

Так как Вам нужен блок кода оболочки, который будет выполняться как корень, необходимо перенести его так или иначе в единственную команду. Вероятно, самый простой путь состоит в том, чтобы использовать явную подоболочку:

echo "Linux user password is needed in order to ..."
sudo sh -c '
 ... code that requires root permission
'

Это, конечно, доставит неприятности, когда Вы пытаетесь использовать некоторые переменные, определенные в другом месте в Вашем сценарии - в таком случае, используйте двойные кавычки вместо сингла.

Но если у Вас только есть несколько команд, которые будут выполнены как корень, лучше используйте sudo перед каждым из них.