Да, я видел эту ошибку раньше. Помимо того, что должны быть запущены одинаковые версии Unison, эти двоичные файлы Unison также (иногда) должны быть скомпилированы с той же версией OCaml. Также есть еще одна ошибка, которую я видел, когда Unison компилируется с OCaml версии >4, но я не помню ее специфики.
Так что ваши варианты таковы:
Поступить как говорит Gilles и скопировать двоичные файлы с одной машины на другие.
Скачать, скомпилировать и установить правильную версию OCaml (мне приходилось использовать 3.12.1), и использовать ее для компиляции и установки Unison из исходников.