Поведение «|» pipe в linux с перенаправлением вывода «>»

$ perl -pe 's/ILE P/ILEP/; s/^(\s*(\S+\s+){9})\S+/${1}1/ if /^(\s*(\S+\s+){2})(P4|CA)/; s/ILEP/ILE P/' ip.txt 
  CRYST1   78.428   78.428   78.428  90.00  90.00  90.00 P 1           1
  ATOM      1  CI1 JPIPP   1      41.874  78.965  24.633  1.00  0.00      PI   C
  ATOM      2  CI2 JPIPP   1      41.978  79.560  26.065  1.00  0.00      PI   C
  ATOM      3  CI3 JPIPP   1      40.811  80.549  26.148  1.00  0.00      PI   C
  ATOM      4  CI4 JPIPP   1      39.498  79.850  25.983  1.00  0.00      PI   C
  ATOM      5  O4P JPIPP   1      38.376  80.788  26.069  1.00  0.00      PI   O
  ATOM      6  P4  JPIPP   1      37.130  80.601  27.002  1.00  1      PI   P
  ATOM      7  O41 JPIPP   1      37.214  81.710  27.969  1.00  0.00      PI   O
  ATOM      8  O42 JPIPP   1      35.998  80.809  26.128  1.00  0.00      PI   O
  ATOM      9  O43 JPIPP   1      37.088  79.268  27.654  1.00  0.00      PI   O
  ATOM     37  HT3 ILE P  10      13.930  68.062  46.163  1.00  0.00      P1
  ATOM     38  CA  ILE P  10      15.421  69.513  46.954  1.00  1      P1   C
  ATOM     39  HA  ILE P  10      14.944  69.690  47.906  1.00  0.00      P1   H
  ATOM     40  CB  ILE P  10      16.432  68.520  47.458  1.00  0.00      P1   C

• имеет предварительную и постобработку для работы с ILE P в 4-м столбце
• s / ^ (\ s * (\ S + \ s +) {9}) \ S + / $ {1} 1 / изменит значение 10-го столбца на 1
• / ^ (\ s * (\ S + \ s +) {2}) (P4 | CA) / будет соответствовать P4 или CA в 3-м столбце