Что такое Fedora-эквивалент /var/lib/dpkg/info/[…………prerm?

Потому что с двумя , в (, \) \ (, \) у вас уже есть совпали первые два , , и шаблон Regex, сопоставленный до сих пор, не будет возвращаться для остальной части строки. Остался только один, последний , , поэтому он просто напечатан без каких-либо * между ним, второй последний.

Если у вас есть еще один , на входе, вы получите желаемый (глобальный, g ) ответ:

% echo ,,,, | sed s':\(,\)\(,\):\1*\2:'g
,*,,*,