сравнить несколько файлов (более двух) с двумя разными столбцами

В кавычках ~ никогда не раскрывается. Итак:

rm -r '~'

Аналогично, тильда не выполняется, если тильда не является первым символом. Так что это тоже будет работать:

rm -r ./~

Более безопасный подход к удалению пустых каталогов

rm -r удалит каталог и все его содержимое. Если вы хотите удалить каталог только в том случае, если он пуст, используйте вместо него rmdir (Совет шляпы: Патрик). В этом случае:

rmdir '~'

Или,

rmdir ./~

Документация

Расширение тильды
Если слово начинается с без кавычек тильды символа ( ~ ), все символы, предшествующие первой косой черте без кавычек (или все символы, если косая черта без кавычек), считаются префиксом тильды. Если ни один из символов в префиксе тильды не заключен в кавычки, символы в префиксе тильды , следующие за тильдой, рассматриваются как возможное имя для входа. Если это имя входа является пустой строкой, тильда заменяется значением
параметра оболочки HOME. Если HOME не задан, вместо него подставляется домашний каталог пользователя, выполняющего оболочку. В противном случае префикс тильды заменяется домашним каталогом , связанным с указанным именем входа. [Курсив добавлен.]