Запускать приложение при загрузке - Debian

Ну, во-первых, это dkms пакеты, а фактический make/etc обрабатывается через dkms во время установки, а не во время make.

По другой причине, возможно, Makefile сам по себе довольно некачественный и не работает/не может работать со стандартами упаковки arch linux.

Если вы просмотрите больше репо PKGBUILD, вы можете найти больше тех, которые действительно используют make install DESTDIR=${pkgdir}, где ${pkgdir} означает корневой каталог который смонтирован под fakeroot, чтобы установить правильные разрешения во время package() PKGBUILD