Как я могу извлекать / изменять строки в текстовом файле, данные которого разделены на поля?

Вопрос 1: Являются ли .pem и закрытые ключи одним и тем же при генерации с помощью sshkeygen?

Обычно да.

Вопрос 2: Как правильно создать файл .pem в ubuntu

Используйте ssh-keygen . Он не будет генерировать pem , но id_rsa в ~ / .ssh / , но это стандартный способ.

Вопрос 3: как правильно передавать файлы с удаленного хоста на ваш локальный компьютер

Используйте ssh-copy-id . Для конкретного ключа и хоста это будет ssh-copy-id -i /path/to/key.pem host . После запроса пароля ключи следует скопировать и правильно настроить, если удаленная система имеет стандартные настройки.