Установите свою cygwin среду на окнах, затем скомпилируйте там.
То, что Вы считали, верно. Файловые системы становятся фрагментированными со временем - поскольку Вы пишете больше своего эпического сценария, или добавляете к Вашей музыкальной коллекции или загружаете больше фотографий, и т.д., таким образом, свободное пространство кончается, и система должна разделить файлы для установки на диске. В процессе, описанном в выборке, Вы отправили, заключительный этап, копируя файлы назад на недавно убранный диск, сделан последовательно - таким образом, файлы записаны в файловую систему, один за другим, позволив системе выделить дисковое пространство способом, который избегает условий, которые привели к фрагментации во-первых.
В некоторых файловых системах UNIX фрагментация является на самом деле хорошей вещью - она помогает оставить свободное место, путем выделения данных от двух файлов до блока отдельного диска, вместо того, чтобы израсходовать два блока, которые каждый были бы меньше чем наполовину заполнены данными.
Файловые системы UNIX не начинают страдать от фрагментации до почти полный, когда система больше не имеет достаточное свободное пространство для использования, поскольку это пытается переставить файлы вокруг для хранения их занимающий непрерывные блоки. Точно так же для дефрагментатора Windows нужны приблизительно 15% диска, чтобы быть неиспользованным, чтобы смочь эффективно выполнить его обязанность.