Сделайте строки такими:
(command1 file1_input; command2 file1_output) &
(command1 file2_input; command2 file2_output) &
...
И каждая строка будет выполнять свои две команды в последовательности, но каждая строка будет переадресована как параллельные фоновые задания.
Если вы хотите, чтобы вторая команда выполнялась только при успешном завершении первой, то измените точку с запятой на &&
:
(command1 file1_input && command2 file1_output) &
(command1 file2_input && command2 file2_output) &
...