Удобнее ли входить в SSH с помощью пароля, потому что ключи SSH должны храниться на каждом компьютере [закрыто]

Файлы не будут "правильно удалены", если их удалить, пока они еще открыты. Когда они будут закрыты, дисковое пространство, которое они использовали, снова будет считаться "свободным". Это относится и к запущенным приложениям и их общим библиотекам.

Единственное, что я могу представить, это если программа использует dlopen() для загрузки общей библиотеки по требованию, или если программа должна получить доступ к другим файлам по требованию, таким как словари, файлы тем или другие файлы, которые внезапно исчезли.

Для примера: Запуск vim в одном сеансе оболочки и удаление установки vim в другом сеансе оболочки не приведет к "повреждению" или завершению текущего сеанса vim. Но некоторые вещи начнут давать сбои, например, проверка орфографии, которая требует, чтобы vim открывал файлы в своей установке.