Что-то вроде:
for dir in `cat textfile.txt`; do
cp -a "$dir" New_Folder/
echo Copied $dir
done
возможно?
Примечание: если в каком-либо из имен каталогов в textfile.txt есть пробелы, это становится еще труднее .
Также: было ли что-то значимое в строках вашего .txt файла? Предполагалось, что каталоги в каждой строке обрабатываются иначе, чем каталоги в других строках?