Вы можете это сделать. В этом случае вам необходимо загрузить FPGA перед ARM. Таким образом, вы можете прочитать ключ от FPGA. Окончательная реализация зависит от ваших предпочтений. Это может быть просто чтение ключа, находящегося в общей памяти внутри микросхемы. Или вы можете реализовать какой-либо протокол связи между FPGA и U-Boot. Стоит подумать, можете ли вы расшифровать rootfs в FPGA. Таким образом вы получите аппаратное ускорение.