Хорошо. Так что возиться с вещами, я думаю, мне удалось решить свою проблему.
Для тех, кто использует сценарий Upstart для запуска и возрождения сценариев PHP, вы можете добавить следующее в сценарий Upstart для запуска от имени определенного пользователя / группы.
setuid $ user setgid $ group
Где $ user и $ group - имена конкретного пользователя и группы, от имени которой вы хотите запустить свой скрипт.
Мои каталоги изображений создаются сейчас с соответствующими правами собственности.