btrfs Wiki перечисляет несколько инструментов инкрементного резервного копирования, которые подходят для ответа на этот вопрос.
btrbk - это тот, который я использую в настоящее время, и он отвечает большинству требований, упомянутых в вопросе.
Я говорю «большинство», потому что не был ясен вопрос о различиях между моментальными снимками и настоящей файловой системой управления версиями (которой нет в btrfs). Но этот вопрос специфичен для btrfs, и лучшее решение для btrfs - это частые снимки состояния вместе с инструментом, который автоматизирует создание снимков, отправку-прием передач и сокращение временной шкалы снимков.