Распределительные тысячи файлов по подпапкам

С zsh:

autoload zmv
zmv 'file_(<->)' 'S_$((1 + ($1 - 1) / 100))'

Если файлы не пронумерованы, но Вы просто хотите разделить тот список:

n=0; zmv -Q 'file_*(n)' 'S_$((n++/100+1))'

(n) состоит в том, чтобы переключиться числовое упорядочивание для списка (и Вам нужно -Q для этого globbing спецификатор).

Они называют тот mv на файл. Можно сделать это немного более эффективным путем создания mv встроенный (zmodload zsh/files), или Вы могли сделать:

files=(file_*(nN))
for ((n=1; $#files; n++)) {
  mv -- $files[1,100] S_$n
  files[1,100]=()
}

(nN) выше zsh спецификаторы globbing, которые далее квалифицируют шарик. n для числовой сортировки, N должен включить nullglob опция для того шарика, который является, чтобы шарик расширился до пустого списка, когда там не идет ни в какое сравнение.

(с тем Вы могли даже добавить a mkdir S_$n в случае, если те каталоги не существовали заранее).