Перебрать файлы в родительском каталоге с помощью для ФАЙЛА в *; делать ...; сделано
. Если файл является каталогом, cd
в каталог, выполните вашу команду, затем cd ..
.
cd $parent_directory
for FILE in *; do
if [ -d "$FILE" ]; then
cd "$FILE"
java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output
cd ..
fi
done
Вы также можете использовать имя файла в своей команде, чтобы избежать изменения каталогов, например I = "$ FILE / acc.bam"
.
Вам необходимо включить поддержку Apache CGI с помощью следующих команд:
sudo a2enmod cgi
sudo service apache2 restart
Вам также не нужна строка AddHandler как таковая, поскольку ваше расширение .cgi не является .pl файл.
Я рекомендую вам поступить так же:
ScriptAlias / cgi-bin / / home / router / cgi-bin /
<Directory /home/router/cgi-bin>
Options ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>