Мне кажется, что при обновлении перезапускается какая-то служба, которая разрывает ваше соединение. В качестве альтернативы вы просто теряете соединение, и состояние промежуточного обновления скручивает систему, что приводит к необходимости перезагрузки.
Обычно я думаю, что диспетчер сети / интерфейс был обновлен, и произошел «перезапуск сети службы».
Проблема здесь в том, что при закрытии сеанса ssh программа / скрипт / whatevs, в котором вы его запускаете, закрывается. Это означает, что если вы запустите apt-get upgrade и сеанс закрывается, обновление будет внезапно остановлено одновременно с закрытием сеанса ssh.
Я бы посоветовал запустить обновление на экране (я думаю, что это возможно) или подключить внешний экран к вашему Beaglebone.
Я подозреваю, что есть непонятная ошибка либо в вашем драйвере Ethernet, либо в прошивке или оборудовании вашего устройства Ethernet. Можете ли вы вызвать ошибку, отправив scp на localhost? Если нет, попробуйте заменить компоненты:
Недавно на форуме Arch была похожая проблема в теме.
Автор исправил ее, сбросив настройки BIOS.