Когда именно выполняются «висячие» предложения post-up?

Если вы вызываете пользовательский скрипт в домашней папке пользователя (редактируемой пользователем) с правами root, это фактически означает, что пользователь является root. С точки зрения безопасности / принципа наименьших привилегий, это очень плохой поступок.

Конечно, в вашем случае это может не иметь значения. Если вы знаете, что вы делаете и каковы возможные последствия, и если вы не позволите этому стать привычкой, то можете сделать это позже, не думая об этом...

Лично я просто помещаю обновления dyndns в корневой раздел, не знаю, почему для этого нужно давать обычным пользователям root. Даже если вы единственный пользователь, не использовать учетную запись root, когда это не нужно, также является мерой по предотвращению несчастных случаев.