Вы используете SELinux, Apparmor или один из других модулей безопасности Linux, которые дополнительно ограничивают доступ, даже с правами root.
Вверху будет отображаться загрузка ОС. Я думаю, что ваша виртуальная машина использует 4 ЦП, а mysql использует 399% ЦП, это означает 98% от общего ЦП.