apt update всегда переопределяет старый файл конфигурации
Red Hat Software Collections поставляется с GCC 4.9, вы можете посмотреть на включение этого канала.
Вам необходимо включить файл conffilesв свой элемент управления control.tar.gz. При создании пакета с dpkg -deb он помещается в DEBIAN/conffiles. В этом файле должно быть ровно по одной строке для каждого файла конфигурации, содержащегося в вашем пакете Debian. Каждая строка указывает полный путь к файлу конфигурации.
См.https://manpages.debian.org/testing/dpkg-dev/deb-conffiles.5.en.html
В результате включения эти файлы будут зарегистрированы в системе как файлы конфигурации и не будут автоматически перезаписаны.
Я сам не использовал CPackDeb,но есть ссылка на то, как добавить файлы в control.tar.gzздесь:
https://cmake.org/cmake/help/v3.0/module/CPackDeb.html?highlight=conffiles
set(CPACK_DEBIAN_PACKAGE_CONTROL_EXTRA
"${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR/prerm;${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/postrm")