Почему в докере не работает тайм-аут busybox?

makepkg никогда не должен использоваться с правами суперпользователя. Это было бы опасно, потому что вы создаете пользовательские неофициальные пакеты из AUR.

Загрузите пакет как обычный пользователь, например:

wget https://aur.archlinux.org/cgit/aur.git/snapshot/package-query.tar.gz

Затем распакуйте архив:

tar xvzf package-query

Затем попробуйте собрать его:

makepkg