Графический экран входа в Fedora 29 (sddm) отображает только виртуальную клавиатуру

Я бы вообще избегал всех этих sudo и намеренного запрета доступа к своим файлам - это, скорее всего, создаст вам проблемы и, возможно, будет настолько раздражать, что вы в любом случае просто отмените свои собственные механизмы защиты.

Вместо этого я бы использовал trash-cli, который ведет себя как корзина типа рабочего стола, где вы можете восстановить свой файл позже, если допустите ошибку.
Если вы используете менеджер пакетов APT, вы можете установить его с помощью

apt-get install trash-cli

или использовать yum или pacman, каким бы ни был ваш менеджер пакетов, затем просто замените команду rm командой trash. После этого вы можете безумно удалять свои файлы и не беспокоиться о потере данных, потому что вы можете просто восстановить их позже.
Если вы используете команду verbose, т.е. trash -v , trash-cli выведет список директорий, в которые он удаляет файлы.