Вопросы Теги

конфликты базового имени здесь-документа?

Похоже, в вашей установке mint установлен kexec .

kexec - это системный вызов, который сообщает ядру загрузить другой образ ядра и перейти к его точке входа. Это новое ядро ​​затем заменит старое ядро ​​и инициализирует оборудование. По сути, это перезагрузка, за исключением того, что вы не проходите через прошивку («BIOS»), что ускоряет перезагрузку.

Если вы по какой-то причине этого не хотите (например, вам нужно изменить некоторые настройки прошивки), у вас есть два варианта:

  1. Выполнить «холодную» перезагрузку (выключить, затем снова включить)
  2. Удалить пакет kexec-tools .
0
27.03.2019, 17:29
2 ответа

Подстановки команд, такие как $(basename...)и переменные, также расширяются в здесь -документах, если разделитель не заключен в кавычки. Вы должны избежать $из $(basename...), а также любого $внутри него.

Исправлена ​​версия вашего скрипта:

for letter in {A..Z}
        do cat <<- EOF > batch_${letter}.sh
                #!/bin/bash
                module load R/3.5.1
                R_func="/home/dir/R_func"
                TREAT="/home/dir/POP"
                BASE="/home/dir/base"
                OUTPUT="/home/dir/tmp"

                for letter in {A..Z} do {
                for AF in \${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
                Rscript \${R_func}P_tools.R \
                --ptool \${R_func}/P_tools_linux \
                --group \${AF} \
                --treat \${TREAT}/pop_exclude24dup \
                --out \${OUTPUT}/OUT_\$(basename \${AF%%_txt_step3})_noregress \
                --binary-target F; done
                }
        EOF
done

На самом деле это табуляция с отступом; этот глупый веб-интерфейс превращает вкладки в пробелы, что, вероятно, нарушит <<-, который в любой оболочке POSIX удаляет только вкладки, а не пробелы перед разделителем EOF и строки из документа здесь -.

3
28.01.2020, 02:14

Конструкция << EOF... EOFназывается здесь -документом, и вы можете поместить любую строку в качестве разделителя, но обычно используется EOF.

Проблема, с которой вы столкнулись, заключается в том, что здесь -документ действует как строка в двойных -кавычках, поэтому переменные и подстановка команд в нем расширяются при запуске cat, они не сохраняются, как -в результирующем файле. Это, вероятно, не то, что вы хотите, так как вы установили, например. R_funcв batch_x.sh, которое вы пишете, но ${R_func}расширится до любого значения R_funcв генерирующем скрипте.

Вы можете предотвратить это, заключив в кавычки разделитель документа здесь -, т. е. вместо этого используйте cat << 'EOF'. Однако это предотвращает расширение всех переменных, поэтому вы не можете расширить одну и другие, не создавая файл по частям или используя разделитель без кавычек и экранируя все переменные, кроме одной, как в Ответ дяди Билли .

Теперь, если я правильно понял вашу мысль,вы хотите создать 26 скриптов, в одном из которых каждая буква жестко -закодирована. Первый сценарий, который вы создаете (batch_A.sh), выглядит примерно так:

module load R/3.5.1
R_func="/home/dir/R_func"
....
for AF in ${BASE}/A*.txt_step3; do
   Rscript ${R_func}P_tools.R \
  ...
done

Вместо этого вы можете создать только один сценарий, как показано ниже, и передать ему букву в качестве аргумента командной строки. Первый аргумент командной строки доступен как"$1":

#!/bin/bash
module load R/3.5.1
R_func="/home/dir/R_func"
TREAT="/home/dir/POP"
BASE="/home/dir/base"
OUTPUT="/home/dir/tmp"
letter=$1

for AF in ${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
    Rscript "${R_func}P_tools.R" \
    --ptool "${R_func}/P_tools_linux" \
    --group "${AF}" \
    --treat "${TREAT}/pop_exclude24dup" \
    --out "${OUTPUT}/OUT_$(basename "${AF%%_txt_step3}")_noregress" \
    --binary-target F;
done

Переменная letterтеперь будет браться из командной строки, поэтому вы можете запускать batch.sh Aдля обработки файлов Aи т. д.

3
28.01.2020, 02:14

Теги

Похожие вопросы