Вы не можете специально настроить таргетинг на приложение, поэтому единственное решение без зависимостей - это создать конфигурацию iptables, которая направляет все порты в вашу VPN. Но вы должны знать, что пересылать, и это чревато ошибками.
Лучшим решением было бы использовать контейнеры Linux и запускать приложение внутри. Затем сетевая карта контейнера перенаправляет весь трафик в VPN. Вот руководство для Arch, но основная концепция применима к любому дистрибутиву.
https://wiki.archlinux.org/index.php/OpenVPN_in_Linux_containers