Что такое область внутри раздела, не используемая какой-либо файловой системой, называется?

С sed ничего подобного нельзя сделать, это просто редактор текстового потока. Попробуйте этот сценарий Perl:

#!/usr/bin/env perl 

## Set the record separator to \n\n to
## read multiple lines as a single record
$/="\n\n";
## This array will contain all lines of the file
my @lines=<>;

## The list of suffixes
@suffix=(a..z); 

## For each line of the input file
foreach (@lines) {
    ## If the current line (lines are now the actual multiline records
    ## because we set $/ to consecutive newlines) is one we are interested in.
    if (/isoforms.*?Target=(\S+)/s){
    ## Keep a list of seen targets
    $seen{$1}++;
    }

}
## Now that we have processed the entire file
## go back and print each line.
foreach (@lines) {

    ## If this line is one of the ones we're interested in
    if(/Name=(.+?);.*?isoforms=.*?Target=(\S+)/s){
    $name=$1; $target=$2;
    ## This is needed so we can know whether
    ## how many times we've seen this target so far.
    $newseen{$target}++;
    ## If this target exists more than once in the input file
    if ($seen{$target}>1) {
        ## Use the %newseen hash to choose the right letter.
        ## The -1 is needed because the first element of an
        ## array is 0, not 1.
        s/$name/$target.$suffix[$newseen{$target}-1]/;
    }
    else {
        s/$name/$target/;
    }
    }
    print;
}

Сохраните приведенный выше сценарий как foo.pl , сделайте его исполняемым ( chmod a + x foo.pl ) и запустите во входном файле:

./foo.pl input.txt > output.txt