Как заставить snapper-boot.service создавать снэпшоты для всех конфигов?

Да, это возможно.

Простым способом было бы использование сценария оболочки, который многократно вызывал бы snapper, по одному разу для каждой конфигурации. Кажется, для этого достаточно цикла for.

Вы даже можете сделать это в файле модуля systemd:

ExecStart=/bin/sh -e -c '. /etc/conf.d/snapper; for conf in $$SNAPPER_CONFIGS; do /usr/bin/snapper --config "$$conf" --cleanup-algorithm number --description "boot"; done'

Обратите внимание, что вам нужно экранировать $s, чтобы systemd не пытался интерпретировать их как системные переменные, а вместо этого позволял интерпретировать их оболочке. (На мой взгляд, использование сценария внешней оболочки, который вы вызываете в ExecStart=, является более чистым подходом,тогда вам не нужно иметь дело с экранированием и не нужно втискивать все в одну строку.)

Другим вариантом может быть изменение самого snapper, чтобы он мог обрабатывать это нативно. Скажем, заставьте его читать этот файл конфигурации и обрабатывать эти конфигурации всякий раз, когда он вызывается без каких-либо аргументов --config. Это был бы еще более чистый подход.

Целесообразно это или нет... Наверное, это зависит от обстоятельств. Если вы получаете этот модуль snapper-boot.seviceиз пакета из вашего дистрибутива, у вас могут возникнуть проблемы всякий раз, когда обновление пакета затрагивает этот файл. Так что, в некотором смысле, это зависит от вашей конкретной ситуации.

Если этот юнит-файл действительно поставляется с пакетом из вашего дистрибутива Linux, вы можете открыть для них отчет об ошибке и попросить их избегать жесткого кодирования имен конфигураций в юнит-файле.

Если он не принадлежит вашему дистрибутиву, рассмотрите возможность сохранения его в /etc/systemd/system, поскольку /usr/libобычно зарезервирован для файлов, поставляемых и управляемых дистрибутивом Linux.