Мне пришлось запустить dos2unix на всех файлах, и после этого все заработало.
Если вы имеете в виду повторно извлечь 3 символа , то:
В старом седе:
$ sed ':1;h;s/\(...\).*/\1/p;g;s/.//;t1;d' <<<$'abcdef\n1234567\n'
abc
bcd
cde
def
123
234
345
456
567
В старом awk:
$ awk '{a=$0;for(i=1;i<length(a)-1;i++){print substr(a,i,3)}}' <<<$'abcdef\n1234567'
abc
bcd
cde
def
123
234
345
456
567