Очистка строки при сужении окна терминала

Потому что объект вызова ls не тот же самый. В первом случае аргументом является текущий каталог (. ), а ссылка отображается только случайно (поскольку аргумент - это каталог, а ссылка находится в нем). Во втором случае это один из явно перечисленных аргументов, и специальное правило «следовать символическим ссылкам» применяется только к явным аргументам.