Как заставить PHP 7.1 использовать libreadline.so.8?

Один из способов:

awk -F"|" 'NR==FNR{a[$1];next}($1 in a)' file1 file2

Здесь читается 1-й файл и хранит все ключи в массиве. При обработке 2-го файла печатаются только те строки, ключ которых присутствует в массиве.

Поскольку размер вашего файла огромен, не используйте соединение, так как оно требует, чтобы файлы были отсортированы.