Как запустить одну и ту же команду для выполнения файла в нескольких каталогах?

Есть ли причина не использовать git? Он действительно хорош для автоматического объединения подобных изменений, и именно для этого он предназначен. Это не прямой ответ на вопрос, а альтернативное решение. Если использовать git вместо diff, это будет выглядеть примерно так:

  # copy your original code to a new folder
cp -r 1.2.0 mysoftware_git
cd mysoftware_git/
  # make the original source code a git repository
git init
  # add everything to the repo
git add --all
  # make your first commit
git commit -m 'original source code'

  # make a branch for your colleagues' work:
git checkout -b 1.2.0-fr
  # overwrite the source with the appropriate changes
cp ../1.2.0-fr/* .
  # update and commit
git add --all
git commit -m 'new stuff written by Alice and Bob'

  # switch back to the master branch
git checkout master
  # add the 1.2.6 updates to the master
cp ../1.2.6/* .
git add --all
git commit -m 'Changes to the main software branch'

  # merge the changes from 1.2.0-fr into 1.2.6
git merge 1.2.6-fr

Возможно, некоторые конфликты нужно разрешить вручную, но они есть основы git branch и merge ...

Более подробную информацию можно найти здесь