Еще нет никакого руководства использования этим тегом …!

Руководство использования, также известное как тег выборка Wiki, является короткой аннотацией, которая описывает, когда и почему тег должен использоваться на этом сайте конкретно.

Еще нет никакого тега Wiki для этого тега …!

Справка wikis тега представляет вновь прибывших тегу. Они содержат обзор темы, определенной тегом, наряду с инструкциями по его использованию.

Все зарегистрированные пользователи могут предложить новый тег wikis.

(Обратите внимание, что, если у Вас есть меньше чем 20 000 репутаций, Ваш тег, Wiki будет одноранговым узлом, рассмотренным, прежде чем это будет опубликовано.)

2
ответа

Как использовать "qstat" и "grep" для отображения строк, содержащих диапазон чисел?

Для мониторинга состояния заданий в кластерах используется qstat для вывода таких строк. задание -ID предыдущее имя состояние пользователя отправка/запуск в слотах очереди ja -задание -ID --------...
26.03.2021
2
ответа

Разные результаты на терминале VS PLACKINGE

Я пытаюсь запустить команду на терминале, а также отправить ее в кластер, но я получаю разные результаты. Когда я ввожу на терминал это: $ для i в * _1.fastq.gz; Do Echo $ i >> T ....
09.07.2018
1
ответ

Сценарий Bash для чтения нескольких файлов

У меня есть несколько сценариев R для чтения (до 3, то есть tr1.R, tr2.R, tr3.R ). Сценарий bash для чтения одного сценария приведен ниже. #!/бин/баш #PBS -l узлов=1 :ppn=10,walltime=00 :05 :00 #ФСБ -М #ФСБ -м е...
24.05.2021
1
ответ

Как отправить несколько заданий R одновременно?

У меня есть сценарий R -, который запускает несколько файлов, скажем, от file=1 до 50. Я обычно отправляю повторяющиеся задания, скажем, 5 раз с 10 файлами каждый раз, изменяя число в сценарии R -. Итак, как я могу отправить задание 5 -в...
23.05.2021
1
ответ

Синтаксис запроса памяти в файле задания Sun Grid Engine

Я отправляю задание Matlab в кластере своего университета с помощью qsub после входа в узел с помощью ssh. В задании заканчивается память. Это совет, который я получил, чтобы исправить мою проблему :"...
09.09.2020
1
ответ

Имя не существует или не является каталогом

Я выполняю задание массива (400 задач Matlab R2018b )в HPC моего университета. После того, как qsub файл.sh в терминале, 400 задач запускаются, они немедленно убиваются. В файле.o...
09.05.2020
1
ответ

Команды экспорта работают в интерактивном режиме, но выдают сообщение об ошибке в сценарии [дубликат]

Мне нужно экспортировать переменную окружения для запуска программы. Я могу успешно сделать это в интерактивном режиме. Однако, когда я пытаюсь экспортировать переменную окружения как часть оболочки bash...
24.11.2018
1
ответ

Как запустить одну и ту же команду для выполнения файла в нескольких каталогах?

Я хочу сделать следующее, у меня есть набор каталогов: например,) 400K 500K 600K и так далее в каждом каталоге у меня есть «запустить .PBS «Файл, который я хочу отправить через пакет с помощью« run.pbs qsub ». Я был ...
22.11.2018
1
ответ

Представление заданий HPC внутри задания HPC

У меня есть большой скрипт, который полагается на входные аргументы (с getopts). Один из этих аргументов - каталог, содержащий файлы (все с именем *bam) Этот скрипт состоит из 2 частей: Часть1: на основе входных *bam ...
22.08.2018
1
ответ

Использование top для определения номера ядра процессора с помощью qsub pbspro

У меня есть сервер с общей памятью с установленным PBSpro в качестве диспетчера заданий. Всего 320 ядер, и pbs настроен так, что есть 1 очередь заданий с 30 из 32 процессоров, так что 300 физических ядер должны быть ...
28.03.2018
1
ответ

awk не работает с qsub

Я пытаюсь выполнить команду, которая выглядит примерно так intersectBed -a yeast.v2.bed -b cov.txt -wa -wb | awk -v OFS="\t" '{print $7,$8,$9,$6,$11,$10}' > out.txt out.txt выглядит так chrI ...
15.03.2017
0
ответов

Как запустить скрипт с определенного узла и активировать среду conda?

У меня есть программа на Python, которая работает в среде conda, установленной на определенном узле кластера. Я хотел бы отправить его в qsub, но мне просто нужна помощь. Мой скрипт :#!/бин/баш источник конда...
12.12.2020
0
ответов

Синтаксис количества ядер в файле задания Sun Grid Engine

Я хочу использовать HPC моего университета для qsub задания массива из 3 задач. Каждая задача запускает код Matlab, который использует решатель (MOSEK ), использующий несколько потоков для решения задачи оптимизации. А...
09.09.2020