Если последняя строка в файле конфигурации имеет новую строку после нее?

Да, последний символ допустимого текстового файла POSIX должен быть символом новой строки.
Это обсуждалось ранее .
Это легко (и очень быстро )исправить файл(при необходимости ).
И vim можно настроить так, чтобы он автоматически включал в себя символ новой строки .

Это имеет значение в том смысле, что некоторые инструменты ожидают текстовый файл и, следовательно, ожидают окончания новой строки. Например, оболочка readзавершится ошибкой (, если не настроена особым образом)для чтения последней строки текстового файла, в котором отсутствует символ новой строки. И конкатенация файлов с catтоже потребует специальной обработки.

Вы не можете следовать рекомендациям по уменьшению одного байта на файл, но за счет дополнительных сложностей при обработке файлов. Это не стоит проблем ИМО.

Я не могу придумать никакой другой причины, по которой не следует использовать конечный символ новой строки для текстового файла.