Абсолютно нет. 1. Это для Windows и 2. это не то, с чего может загрузиться большинство ОС. Лучше всего использовать файловую систему типа ext3 для живой системы. Поскольку вы делаете ее в windows, лучше сделать ее в FAT32/vfat/msdos. Лучше сделать его с парой разделов, чтобы обеспечить постоянство, и вы можете захотеть раздел в другой файловой системе в зависимости от того, для чего вы его используете.

Edit: Ну, если вы используете один из стандартных процессов Linux Live USB, он поместит образ диска на него таким образом, чтобы эмулировать CD/DVD. Для начала он должен уметь использовать все, что может прочитать Windows, но USB всегда поставляются в формате VFAT/FAT32, поскольку это формат fs, который linux, OS X и Windows могут читать нативно, так что нет причин менять его. Однако вам действительно может понадобиться постоянство, и для этого вам, вероятно, следует создать свой живой USB, находясь в Linux (либо нативно, либо с живого CD, либо из виртуальной машины), чтобы вы могли создать раздел ext3, если он вам нужен.

Многое зависит от того, что вы хотите сделать. Если вы устанавливаете Kali, нет абсолютно никаких причин просматривать файлы на usb из Windows, и на самом деле вы, вероятно, захотите их зашифровать. Аналогично, если вы делаете что-то вроде Tails или LPS. Однако USB-накопители сейчас достаточно велики, чтобы с ними можно было делать всевозможные вещи. Вы даже можете разбить их на разделы и сделать мультизагрузочные live USB, которые загружаются в разные ОС, поскольку это, по сути, просто компактные жесткие диски.

Поскольку вы не объяснили, что вы делаете, и не предоставили ссылок на инструкции, которым вы следуете, я должен дать общие ответы. Возможно, вы создаете загрузочный диск не совсем обычным способом.