Не удается запустить MATLAB на Ubuntu 16.04

Ваше регулярное выражение не работает, потому что . не является символом слова. Grep считает символами слов только a-z, A-Z, 0-9 и _.

В любом случае, это действительно неправильный способ. Во-первых, разбор ls является очень хрупким и почти никогда не является хорошей идеей. Вот несколько других способов перечислить каталоги, имя которых начинается с . :

find . -type d -name '.*'

Или, если вы не хотите, чтобы он спускался в подкаталоги (и если у вас есть GNU find, по умолчанию в Linux):

find . -maxdepth 1 -type d   -name '.*' 

В качестве альтернативы вы можете просто использовать echo и shell glob:

echo .*

Это также покажет файлы. Чтобы избежать этого, используйте цикл типа:

for i in .*; do [ -d "$i" ] && printf '%s\n' "$i"; done