Shifted Command Изменить аргумент Подсчет `$ #`

Я думаю, что вы просто не отсортировали файлы. Это один из вариантов поведения, который можно получить на несортированном вводе:

$ cat file1 
foo
bar
$ cat file2
bar
foo
$ $ diff file1 file2
1d0
< foo
2a2
> foo

Но, если вы отсортируете:

$ diff <(sort file1) <(sort file2)
$ 

Работа программы diff заключается в том, чтобы сказать вам, идентичны ли два файла и, если нет, в чем они отличаются. Она не предназначена для поиска сходства между различными строками. Если строка X одного файла не совпадает со строкой X другого, значит, файлы не одинаковы. Неважно, содержат ли они совершенно одинаковую информацию, если эта информация организована по-разному, файлы считаются разными".