Файлы класса Java независимы от платформы. Нет никаких "файлов класса на 64 бита", они являются всеми одинаковыми формат.
Вещи, которые могут препятствовать мобильности файлов класса и библиотек:
Кроме этого, можно скомпилировать классы с JDK на 32 бита и выполнить их на JVM на 64 бита (или наоборот) – это будет просто работать.