Есть ли возможность использовать один и тот же makefile в Centos и FreeBSD?

Нет, потому что содержимое самого первого каталога составляет всего 1 МБ. Если вам нужно что-то, что суммирует все размеры в дереве каталогов под нужным каталогом, du

ls , конечно же, не рекурсивно переходит в подкаталоги. Он просто сообщает о вещах, которые находятся непосредственно в том месте, на которое вы смотрите. Итак, в вашем первом каталоге, если вы складываете все размеры только вещей непосредственно в этом каталоге, он может быть меньше, чем размеры вещей в подкаталоге. Но ls не просматривал этот подкаталог, поэтому ничего не знает о них, когда создает для вас свой список.